Análisis de secuenciación de RNA: transcriptómica

Principales contenidos

  • Expresión génica: introducción.
  • Análisis: expresión diferencial, modelos lineales, clustering.
  • RNA-seq: tecnología, FPKM y TPM, herramientas (ballgown, DESeq, edgeR).

Detalles

Tipo: Obligatoria
ECTS: 3.5
Semestre (duración): 2º (septiembre)
Ficha en PDF: Descargar.

Docentes

Rodrigo Santamaría (rodri@usal.es)

Descripción

Como resultados de aprendizaje el estudiante tendrá un conocimiento y capacidad amplia para analizar datos de expresión ómica, orientados a la tecnología más actual, RNA-Seq, pero sin perjuicio de comprender tecnologías anteriores como los microarrays u otras tecnologías actuales hermanas; y de ser capaz de aplicar la teoría computacional y estadística subyacente a cualquier otro conjunto de datos que represente abundancia, ya sea en genómica, proteómica o transcriptómica, o incluso en otras disciplinas.

Contenidos

Para obtener los resultados de aprendizaje previstos, se planea impartir los siguiente contenidos:

  1. Expresión: matriz de expresión, co-expresión, cambio de expresión, log fold change.
  2. Análisis de expresión: expresión diferencial y significatividad estadística, limma, clustering jerárquico, enriquecimiento funcional.
  3. RNA-Seq: tecnología, TPM y FPKM, herramientas: ballgown, DEseq2, edgeR, quSAGE, otras. Aplicación a datos reales. Cuantificación de transcritos anotados y no anotados, splicing alternativo.