Bioinformática Estructural: secuencias, estructuras e interacciones de proteínas

Principales contenidos

  • Alineamiento: BLAST, PAM, BLOSUM, Clustal, T-coffee.
  • Motivos y dominios: PROSITE, PFAM, InterPro.
  • Estructura 3D: PDB y EMDB, modelado y análisis.

Detalles

Tipo: Obligatoria
ECTS: 2
Semestre (duración): 2º (septiembre)
Ficha en PDF: Descargar.

Docentes

Javier de las Rivas (jrivas@usal.es)

Descripción

Como resultados de aprendizaje el estudiante tendrá un conocimiento y capacidad amplia para analizar, comparar y clasificar secuencias de proteínas. Así mismo obtendrá capacidades para analizar e interpretar la estructura terciaria derivada, a través de modelos y visualizaciones, así como para comprender las relaciones entre proteínas y entre proteínas y otras moléculas, y su relación con el diseño de fármacos.

Contenidos

Para obtener los resultados de aprendizaje previstos, se planea impartir los siguiente contenidos:

  1. Protein sequence alignment: search for homologous using BLAST, PsiBLAST algorithms.
  2. Substitution matrices (PAM, BLOSUM) and score methos for sequence alignment. Sensitive homology detection
    using HMMER.
  3. Multiple Sequence alignmens (MSA): Clustal, T-coffee.
  4. Protein motifs and domains: PROSITE, PFAM, InterPro.
  5. Protein structural prediction: secondary structures, accessibility, remote 3D structural prediction (threading).
  6. Public Repositories of 3D structural data: Protein Data Bank and Electron Microscopy Data Bank (EMDB).
  7. Protein 3D structural analysis and classification: structural databases CATH, SCOP), structural comparison.
  8. Protein 3D structural modeling.