Herramientas computacionales para bioinformática: UNIX, expresiones regulares y shell script

Principales contenidos

  • Introducción a UNIX y GNU/Linux.
  • Conexión e intercambio de información.
  • Navegación: rutas, permisos, edición.
  • Combinación: tuberías y deriva de datos.
  • Expresiones regulares: grep, sed, awk.

Detalles

Tipo: Obligatoria
ECTS: 3
Semestre (duración): 1º (septiembre)
Ficha en PDF: Descargar.

Docentes

Alejandro Benito (abenito@usal.es)

Descripción

Se busca que el estudiante se familiarice con los conceptos básicos de los sistemas operativos UNIX, fundamentales para trabajar en servidores con grandes volúmenes de datos y para manejar muchas de las herramientas bioinformáticas
existentes. De este modo, el estudiante obtendrá los conocimientos necesarios para conectarse y compartir información con un servidor remoto y navegar en un sistema operativo tipo UNIX. Asimismo, conocerá las órdenes básicas del sistema de archivos y edición de textos, así como las técnicas para concatenar órdenes y para buscar patrones de texto. Finalmente, aprenderán a almacenar protocolos de órdenes UNIX en archivos de shell script.

Contenidos

Para obtener los resultados de aprendizaje previstos, se planea impartir los siguiente contenidos

  1. Sistemas operativos: introducción a UNIX y GNU/Linux
  2. Terminales y servidores: conexión, intercambio de información (ssh, sftp, scp, wget)
  3. Navegando UNIX: sistema de rutas, información (permisos, propiedad), manejo de archivos, y edición de texto
    (nano)
  4. Expresiones regulares: búsqueda (grep) y modificación (sed, awk)
  5. Tuberías: concatenación de órdenes (|) y deriva de datos (>, >>, 2>
  6. Shell script: variables, bucles, ejecución